Weil es ja Probleme mit TLS-SNI-01 gibt, kann man auch einfach eine Domain neu installieren. Dann wird ein neuer Eintrag mit dem Postfix 0001 angelegt.
sudo apache2ctl stop
sudo letsencrypt --authenticator standalone --installer apache -d mp4togif.com -d www.mp4togif.com
sudo apache2ctl start
Aber ich werde nochmal warten, ob sich das Problem nicht löst und TLs-SNI-01 wieder aktiviert wird.