Wer sich mit CSV-Importen in Neo4j 3.0 versucht wird schnell merken, dass die angegebene File-URL sich irgendwie immer auf das Neo4j Verzeichnis bezieht auch wenn man sich auf das Root Verzeichnis bezieht. Der Fehler liegt nicht an der File-URL, sondern an einer Einstellung in Neo4j, wo als default Verzeichnis das eigene import-Verzeichnis gewählt ist und die File-URL sich nur auf Dateien innerhalb dieses Verzeichnisses bezieht.
Man kann einfach in der conf/neo4j.conf das import Verzeichnis von import auf / (Linux) ändern und es verhält sich wieder wie in der 2.x Version.